La tutela della salute pubblica dipende soprattutto dalle organizzazioni di controllo a cui già competono gli accertamenti sui prodotti (analisi di laboratorio), sulle strutture, sulle attrezzature, sul personale (ispezioni nelle aziende di produzione primaria e nelle industrie alimentari) e sulle garanzie di impresa (organizzazione aziendale, autocontrollo, gestione dei processi produttivi). 
La valutazione del rischio deve “basarsi su elementi scientifici a disposizione ed essere svolta in modo indipendente, obiettivo e trasparente”, presupposti essenziali per poter intraprendere efficaci misure di controllo rivolte ad eliminare o minimizzare il rischio.



I controlli ufficiali sulla produzione delle carni sono necessari per verificare che gli operatori del settore alimentare rispettino le norme in materia di igiene, i criteri e gli obiettivi stabiliti dalla normativa comunitaria. Detti controlli ufficiali dovrebbero consistere in audit delle attività degli operatori del settore alimentare e in attività di ispezione e in verifiche sui controlli effettuati dagli operatori del settore alimentare.
Tenuto conto delle loro conoscenze specialistiche, è opportuno che i veterinari ufficiali effettuino audit e ispezioni di macelli, stabilimenti per la lavorazione della selvaggina e taluni laboratori di sezionamento. Gli Stati membri dovrebbero poter decidere quale sia il personale più adatto per gli audit e le ispezioni di altri tipi di stabilimenti.